Vila Cova, é uma aldeia muito antiga e pode supor-se ter sido fundada no período Pré-Romano durante as invasões dos Bárbaros. É do conhecimento geral que existe, ainda hoje, em Vila Cova, um lugar chamado Alto do Sião que resultará da evolução do nome pessoal de origem Germânica, que corresponde, pensamos, ao território ocupado por um antigo castro de nome Siloni, provavelmente em honra de algum Rei Bárbaro, quiçá um rei das Astúrias que viveu no séc. VIII. Essa designação ter-se-á perdido aquando do repovoamento e consequente deslocação para a actual Vila Cova ou “vila entre montes”. O rei D. Dinis ter-lhe-á dado foral no séc. XIII, tendo as suas casas e foros sido entregues aos frades da ordem de S. Gerónimo a quem os moradores de S. Thiago de Villa Cova tinham de pagar os foros que eram colectados por uma pessoa da terra, nomeadamente, o Morgado António Botelho Guedes do Amaral, pessoa de alta nobreza e detentor de vasto património. A esta ordem religiosa foram ainda entregues entre outras propriedades importantes, o Convento dos Jerónimos de Lisboa.
Facto ainda de realçar na história desta freguesia é o de que em 1570 estava anexa à de S. Miguel da Pena, pertenceu ao concelho de Ermêlo até à sua extinção por decreto de 31 de Dezembro de 1835, em 1840 aparece anexa à de Quintã, fixando-se, finalmente a Vila Real.